公司代扣代缴的税种和费用主要包括以下几项：
根据《中华人民共和国个人所得税法》及其实施条例，个人所得税以所得人为纳税义务人，以支付所得的单位或个人为扣缴义务人。扣缴义务人在向个人支付应税款项时，应当依照税法规定代扣税款，按时缴库，并专项记载备查。
根据《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》，境外的单位或个人在境内销售应税劳务而在境内未设有经营机构的，其应纳税款以代理人为扣缴义务人；没有代理人的，以购买者为扣缴义务人。
根据《中华人民共和国消费税暂行条例》，委托加工的应税消费品（不包括改在零售环节征收消费税的金银首饰），由受托方在向委托方交货时代收代缴税款。
增值税、消费税、代收代缴义务人同时也是城市维护建设税的代扣代缴、代收代缴义务人。
收购未税矿产品的单位为资源税的扣缴义务人。
运费结算付方应缴纳的印花税，应由运费结算收方或其代理方实行代扣汇总缴纳。股份制试点企业向社会公开发行的股票，因购买、继承、赠与所书立的股权转让书据，办理股权交割手续的单位负有监督纳税人依法纳税的责任，并代征代缴印花税税款。
根据《中华人民共和国企业所得税法》，对非居民企业取得本法第三条第三款规定的所得应缴纳的所得税，实行源泉扣缴，以支付人为扣缴义务人。税款由扣缴义务人在每次支付或者到期应支付时，从支付或者到期应支付的款项中扣缴。
企业还需要代扣代缴员工的社保费用，这包括养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险和生育保险。这些费用是员工享受社会保障制度的基础，企业有义务按时足额缴纳。
企业可能还需要根据相关法规代扣代缴其他税费，如住房公积金、个人承担的住房专项扣除等。
根据法院判决或裁定，企业可能需要代扣代缴抚养费、赡养费等。
综上所述，公司代扣代缴的税种和费用涵盖了个人所得税、增值税、消费税、城市维护建设税、资源税、印花税、企业所得税、社保费用以及其他相关税费。企业应严格按照相关税法规定执行代扣代缴义务，确保合法合规。
