非法养殖的处理方式主要依据相关法律法规，具体处理措施如下：
停止违法行为：对在规划养殖面积之外的原有养殖项目，应在规划批准之日起五年内分期分批停止实施，停止实施计划由县级以上地方人民政府制定。
纠正与处罚：在堤防安全保护区内挖筑鱼塘的，县级以上地方人民政府河道主管机关可责令其纠正违法行为、赔偿损失、采取补救措施，并可以并处警告、罚款。若构成治安管理处罚或犯罪，将依法追究相应责任。
无证养殖：未取得渔业养殖证的，应责令改正；超越许可范围且妨碍航运、行洪的，责令限期拆除养殖设施，并可以处一万元以下罚款。
刑事责任：非法猎捕、杀害国家重点保护的珍贵、濒危野生动物，或非法收购、运输、出售国家重点保护的珍贵、濒危野生动物及其制品的，将依照《中华人民共和国刑法》第三百四十一条的规定处罚，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金；情节严重的，处五年以上十年以下有期徒刑，并处罚金；情节特别严重的，处十年以上有期徒刑，并处罚金或者没收财产。
行政处罚：非法饲养保护动物的处罚措施还包括由饲养地县级以上人民政府野生动物保护主管部门没收野生动物及其制品，并处以野生动物及其制品价值一倍以上五倍以下的罚款。
停止违法行为：由县级或县级以上级别地方人民政府环保主管部门发出强制性指令要求立即停止违法行为。
罚款与拆除：拒不停止违法行为的，将面临3万元至10万元人民币不等的罚款，并上报县级以上人民政府，请求其下令实施拆除或关闭措施。
自行拆除：限期内自行拆除非法占海圈海设施，并清理养殖品，逾期未自行拆除清理的，将依法进行处置，并由养殖业主自行承担损失。
停止违法行为：向土地管理部门举报，由土地管理机关责令养殖场立即终止违法行为，并进行拆除、恢复土地原貌等。
处罚措施：根据违规情节的严重程度，可能面临罚款、拆除设施、恢复土地原状等处罚，并追究相关责任人的法律责任。
综上所述，非法养殖的处理方式包括停止违法行为、罚款、拆除非法设施、追究刑事责任及行政处罚等。具体处理措施应根据违法行为的性质、情节及影响范围等因素综合决定。建议相关行为人及时咨询专业律师或相关部门，了解具体的法律后果及应对措施。
