物流企业主要缴纳的税种包括：
增值税是物流企业最主要的税种之一，包括陆路（含铁路）运输、水路运输、航空运输和管道运输服务，一般纳税人税率为11%，小规模纳税人税率为3%。
仓储、配送及货运代理等物流辅助服务，一般纳税人税率为6%，小规模纳税人税率为3%。
物流企业根据年度应纳税所得额缴纳企业所得税，基本税率为25%。
对于符合条件的小型微利企业，年应税收入30万以下减按20%征收；年应税收入10万以下减按20%再减半征收。
国家重点扶持的高新技术企业减按15%征收。
城市维护建设税根据企业实际缴纳的增值税和消费税的总额来计算，税率根据地区不同分别为7%、5%和1%。
教育费附加税和地方教育附加税分别按照企业实际缴纳的增值税额的一定比例缴纳，分别为3%和2%。
物流公司中的个人（如司机）需要缴纳个人所得税，按实际的应税所得和适用税率来计算。
这些税种一般适用于物流企业，具体税率和计算方法依据相关条例。
物流企业在提供运输服务时代扣代缴司机的个人所得税及增值税。
综上所述，物流企业需要缴纳的税种和税率较为复杂，具体情况需根据企业所在地及政策具体确定。建议企业详细咨询当地税务部门，以确保合规操作。
