协议合同的管理和解决纠纷的部门主要涉及以下几个方面：
业主与物业管理公司之间若发生纠纷，首先应依据《物业管理条例》的规定，通过自愿平等磋商解决问题。
可以选择由物业公司所在地的人民调解委员会进行调解，这是一种常见的民间调解方式。
若业主与物业管理公司之间的纠纷无法通过协商解决，业主可以向其所在地县级以上地方人民政府房地产行政主管部门投诉，由该部门及时调查处理。
若协商和调解均无法解决纠纷，业主可以根据物业服务合同的约定，向有管辖权的人民法院提起诉讼，或将纠纷提交给物业管理公司所在地的仲裁委员会进行仲裁。
公司内部的合同一般由合同管理部或法律事务部负责拟定，或者归经营部管理。销售合同、采购合同等可以由负责经营管理的部门起草，并需公司法务或相关人员审核。
协议公证可以在本人所在地的公证处办理，公证并不是协议生效的必备条件，除非双方有特别约定。
综上所述，协议合同的管理和纠纷解决涉及多个部门，具体取决于合同的性质和实际情况。对于业主与物业管理公司的纠纷，主要通过协商、调解、投诉、诉讼或仲裁等方式解决；而公司内部的合同管理则通常由合同管理部或法律事务部负责。
